勞動部及教育部於今(104)年6月間，要求國內各公私立大專院校配合清查校內兼任助理人數並協助納保，以保障其勞動權益，但未通盤檢討相關法制，配套措施不周，且未給予合理緩衝期，導致校園動盪不安，衍生諸多重大爭議，監察院財政及經濟、教育及文化委員會聯席會議今(4)日通過監察委員陳小紅、仉桂美提案，糾正勞動部、教育部及行政院。
監委指出，勞動部及教育部於104年6月17日分別發布「專科以上學校兼任助理勞動權益保障指導原則」及「專科以上學校強化學生兼任助理學習與勞動權益保障處理原則」（以下簡稱指導及處理原則），教育部並於發布當日及同年7月2日兩度行文各公私立大專校院，要求各校於104學年度9月開學前完成校內行政作業，全面盤點清查兼任助理人數，分流為「學習型」或「僱傭型」，並應保障「僱傭型」兼任助理的勞動權益。
然而，該指導及處理原則發布後，各校紛紛表示，兼任助理分流納保政策窒礙難行，全國大專校院校長因此聯名向行政院請願，盼能暫緩實施；輿論亦質疑，兼任助理納保政策欠缺配套措施，恐造成學校、學生及政府三輸局面。
監察院調查發現，兼任助理納保爭議攸關大學自治原則，且對於學校、學生及政府三方影響深遠，惟勞動部及教育部未確實通盤檢討相關法制暨籌妥周全配套措施，率以不具法律效力的指導及處理原則，作為學生兼任助理適用勞動法令依據，又未給予學校合理緩衝期，迅即全面入校勞檢裁罰，引發大學動盪不安，師生對立；此外，行政院對於諸多重大爭議，未本於最高行政機關權責，積極進行跨部會協商，有效整合並提出解決方案，坐視兼任助理納保爭議延燒，民怨沸騰，核有重大違失，因此對相關部門提出糾正。
糾正案文指出缺失如下：
一、 學生兼任助理是否具有僱傭關係之爭議，攸關大學自治原則，且對於學校、學生及政府三方之影響深遠，係屬重大政策，勞動部未能務實廣納各方意見，審慎評估國情、社會現況及勞動法令適用於學生兼任助理之適法性，復未妥擬因應配套措施，迅即倉促上路，並全面入校勞檢，未予學校合理緩衝期，導致學校動盪不安，嚴重衝擊師生關係，影響學術研究，弱勢學生工讀權益受損，惡化政府財政負擔，原有問題未見解決，反衍生諸多重大爭議，違失情節如下：
（一） 勞動部未確實通盤檢討並跨部會協商完備相關法制，率以不具法律效力之指導原則，作為學生兼任助理適用勞動法令之依據及勞檢操作指引，法制基礎薄弱，致生違反大學自治與法律保留原則之虞。
（二） 師生關係恐變質為勞雇關係，造成師生對立，不利學術研究創新，並影響學生受教權。
（三） 學生兼任助理向來被視為學習教育之一環，勞動部遽然採取分流納保，忽略學校確有窒礙難行之處，且重大政策之實施未給予合理緩衝期，且於重大爭議協商過程中，全面入校勞檢裁罰，造成學校無所適從，校園動盪不安，顯欠周妥。
（四） 經費排擠效應迫使學校減少工讀機會，嚴重影響經濟弱勢學生就學及生活。
（五） 未審慎務實評估兼任助理納保後，對於各方財務之衝擊，並完備整體規劃配套措施，即貿然實施。
（六） 勞動部固認係本於勞政主管機關職權，依法執行兼任助理納保措施，然其政策思維忽略師生倫理等傳統文化價值，有欠妥適；另該部推稱各校於指導及處理原則研商過程中，並未提出異議等語，亦與實情相違。
（七） 發布實施指導原則後，衍生以令釋限縮大學進用身障人士適法性疑慮、惡化政府未來勞保財務負擔、衝擊就業保險制度、未妥處「低薪高保」之不合理性暨因此減損之學生收入、專兼任工作者之保險權益失衡、預算排擠影響學術研究發展等諸多重大待商榷爭議，顯見勞動部僅從保護學生兼任助理勞動權益單一層面著眼，政策失周。
二、 教育部未能善盡教育主管機關權責，嚴謹審視勞動法令適用於學生兼任助理及勞檢入校裁罰之相關案例及作為，是否符合大學自治原則，反參酌勞動法令狹隘規範學習範疇；又該部明知大學財務狀況、師生倫理及學術研究等重大議題，尚待跨部會協商解決，竟貿然限期學校完成兼任助理分流，未給予合理緩衝期，導致學校動盪不安，憂心高等教育未來發展，違失情節如下：
（一） 未善盡教育主管機關權責，維護大學自治原則核心領域，率予參酌勞動法令狹隘規範學習範疇，且有不當介入大學自主組織之虞。
（二） 教育部明知諸多重大議題尚待跨部會協商解決前，貿然限期各校進行兼任助理分流，未給予合理緩衝期，導致大學動盪不安，嚴重影響師生互信，難辭其咎。
三、 行政院未能本於最高行政主管機關權責，基於行政一體，積極進行跨部會協商，有效整合提出解決方案，藉詞推稱尊重各大學提出釋憲，坐視兼任助理納保爭議持續延燒，民怨沸騰，行事作為消極，誠屬不當。